De meeste uitvoerende taken in de Protestantse Gemeente Middelburg worden door de wijkgemeenten uitgevoerd. De wijkgemeenten maken een beleidsplan. Na goedkeuring van de wijkgemeente-beleidsplannen ondersteunt de Algemene Kerkenraad de wijken in de uitvoering.

Deze beleidsplannen bevatten onder andere plannen voor de jeugd, voor ouderen, voor de eredienst en andere wijk-werkgroepen.

De PGM is de formele rechtspersoon waaronder de Koorkerk en Nieuwe Kerkgemeente functioneren. De Algemene Kerkenraad (AK) ziet toe op een juiste wijze van begroten en rapporteren van de financiën. Een aantal teken is neergelegd bij de Centrale Diaconie en het College van Kerkrentmeesters. De AK ziet toe op een goede uitvoering passend bij besluiten die zijn genomen. De AK speelt ook een rol bij het beroepen van PKN-predikanten.

Tot slot heeft de Algemene Kerkenraad een aantal taken die zijn beschreven in de kerkorde en ordonanties van de PKN.