De Algemene Kerkenraad (AK) is het stedelijk bestuursorgaan van de Protestantse Gemeente Middelburg.

In dit orgaan zijn ouderlingen en diakenen van de wijkgemeenten vertegenwoordigd. Daarnaast heeft een vertegenwoordiging van predikanten en kerkrentmeesters zitting in de AK. Het dagelijks bestuur wordt gevormd door het zogenaamde moderamen, waarin een aantal leden van de AK zitting heeft:

Voorzitter AK: e-mail:	Wydo van der Lee wydo.vanderlee@nieuwekerkgemeente.nl
Eerste scriba:   tel.: e-mail:	Joke Héjjas  (0118) 63 74 51 scriba.ak@pgmiddelburg.nl
Afgevaardigde Predikant: tel.: e-mail:	Chris Kors (06) 2820 6798 chris.kors@nieuwekerkgemeente.nl
Afgevaardigde Centrale Diaconie:   e-mail:	Erik Heijn erik.heijn@nieuwekerkgemeente.nl
Afgevaardigde College van Kerkrentmeesters: e-mail:	Wijtze Barkhuijsen en Robertjan Aarnoutse wijtze.barkhuijsen@nieuwekerkgemeente.nl robertjan.aarnoutse@nieuwekerkgemeente.nl
Afgevaardigde vanuit Koorkerk: tel.: e-mail:	Teus Baars (0118) 56 77 47 baarst@live.nl

De AK houdt zich bezig met allerlei zaken die van belang zijn voor de Protestantse Gemeente Middelburg als geheel zoals het vaststellen van begrotingen en jaarcijfers en het beheer van gebouwen. De AK maakt het kerkelijk stedelijk beleid van de Protestantse gemeente, en voert dat tezamen met wijkgemeenten en andere colleges uit.