De Protestantse Gemeente Middelburg (PGM) kent een Algemene Kerkenraad (AK) die de gemeente bestuurt. Voor een goede wijze van besturen is een plaatselijke regeling opgesteld waarin onder andere de vertegenwoordiging vanuit de wijken is vastgelegd.

Naast deze bestuurlijke eenheid, is er ook een College van Kerkrentmeesters (CvK) dat zich met alle materiële zaken van de PGM bezighoudt.

Een College van Diakenen (CvD) beheert de diaconale zaken op gemeenteniveau.

De leden van de Algemene Kerkenraad vormen de verbinding met de kerkraden van de wijkgemeenten.